Procedura Fontana jest trzecim etapem naprawy serca dziecka z HLHS, który kończy podział małego - płucnego i dużego - systemowego obiegu krwi. Polega ona na podłączeniu żyły głównej dolnej do tętnicy płucnej, bez użycia serca jako pompy.
Istnieją różne techniki wykonania tej operacji. Można wytworzyć sztuczną przegrodę w prawym przedsionku serca lub rodzaj baypass-u omijającego serce. Do stworzenia przegrody i połączenia żyły głównej dolnej z tętnicą płucną, wykorzystuje się własne tkanki dziecka lub/oraz sztuczne z Gore-Tex-u. Poza tym Fontan może być kompletny - szczelny lub tzw. okienkowy poprzez utrzymanie niewielkiego otworu-okna w stworzonej przegrodzie. Zachowanie otworu pomaga w zmniejszeniu ciśnienia krwi, które często po operacji jest w żyłach bardzo podniesione. O ile otwór jest mały, najczęściej zamyka się naturalnie w kilka miesięcy po operacji. W przypadku większego otworu, około 6 do 12 miesięcy po operacji zostaje on zamknięty przez lekarza za pomocą cewnikowania serca.